Pemerintah Provinsi Maluku adalah pemerintah daerah tingkat I yang dikepalai gubernur yang didampingi oleh wakilnya.

Berjalannya pemerintahan daerah Maluku diatur oleh UU 23/3014 yang merupakan peraturan mengenai tata cara pemerintahan daerah terbaru. Sebagai sumber kuasa eksekutif, gubernur berperan menyelenggarakan urusan pemerintahan umum di wilayah administratif provinsi. Gubernur juga menjadi wakil pemerintah pusat di provinsi atas asas dekonsentrasi.

Gubernur dan wakilnya dipilih langsung oleh rakyat melalui pemilihan umum dengan masa jabatan lima tahun yang dapat diperbarui sekali. Kekuasaan eksekutif gubernur dibantu oleh perangkat daerah yang terdiri atas sekretariat daerah, sekretariat DPRD, inspektorat, dinas, dan badan.